辦理肥料登記證要分兩類情況，一類是在當地的省農業廳辦理，另一類是要到農業部去辦理。

在農業廳辦理肥料登記證的是以下幾種肥料：
1、復混肥料
2、有機-無機復混肥料
3、有機肥料
4、摻混肥料
其他的肥料，如微生物肥料、葉面肥料等則需要到農業部去辦理。
辦理肥料登記證的一般是先辦理臨時肥料登記證，臨時登記證有效期為一年，一年過申請轉為正式肥料登記證，轉正后的有效期為五年，五年到期后，可以再續展，每次續展的有效期為5年。
肥料登記證辦理的過程是比較復雜的。濟南創遠專業負責
肥料登記證的辦理